La autoridad mayor de CIPCA recae en su Asamblea de Asociados, formada tanto por representantes de la provincia Peruana de la Compañía de Jesús, como por profesionales de reconocido aporte a los enfoques sobre el desarrollo en la país. La Asamblea se reúne por lo menos una vez al año en Piura; recibe el informe de las actividades institucionales, el informe económico financiero, aprueba el balance y discute la proyección institucional. Por lo menos una de cada dos veces, se reúne también con el total de trabajadores de la institución.

La Asamblea cuenta con un Consejo Directivo de rápida interlocución con la Dirección General. Nombra al Director (a) General y ratifica a propuesta de éste (a) a los Directores de Programas

La Directora General junto con los Directores de Programas forman el Comité Ejecutivo a cargo de la marcha cotidiana de CIPCA. Se reúne una vez por semana, o cuando cualquiera de sus miembros lo considere necesario.

En apoyo a la Dirección General existe una Unidad de Desarrollo Institucional dentro la cual se ubica la Unidad de Planeamiento a cargo del monitoreo y evaluación interna de los proyectos (cada 6 meses CIPCA evalúa el conjunto de sus actividades de acuerdo a un sistema de indicadores de seguimiento e impacto). Depende directamente de la Dirección General la Dirección Administrativo –Financiera (administración, contabilidad, análisis financiero); un auditor externo audita los informes financieros y el balance de la institución.