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El Niño inicialmente fue referido a la aparición de una corriente de aguas cálidas en sentido de norte a sur pegada a la costa que invadían anualmente, alrededor de la Navidad, la costa sur de ecuador y la norte de Perú como provenientes del Golfo de Guayaquil con duración de entre algunas semanas a pocos meses.
Estas aguas calientes alteran el ecosistema marino de esa región que normalmente es de aguas frías por causa de la corriente peruana de Humbolt. La causa de dicho calentamiento regional se descubrió analizando el comportamiento del sistema de presiones atmosféricas y de la velocidad y dirección del viento a lo largo del Pacifico Ecuatorial. En esta región normalmente se tiene una alta presión atmosférica cerca a las costas sudamericanas y baja presión en el extremo occidental es decir en la zona de Australia e Indonesia. Este sistema de presiones hace que los vientos sobre la superficie oceánica del pacifico ecuatorial soplen de Este a Oeste lo cual trae como consecuencia que las aguas superficiales calentadas por la radiación del sol sean arrastradas hacia el oeste haciendo de esa zona de aguas normalmente cálidas y lluviosa.
Una definición más actual, es que El Niño es un debilitamiento o inversión de los vientos superficiales a lo largo del pacifico ecuatorial causado por el cambio en las presiones atmosféricas los cuales tienden a soplar en sentido de oeste a este causando que las aguas calientes de la superficie se acumulen en el lado este del pacifico alcanzando las costas sudamericanas haciendo de esta región húmeda y lluviosa.
Esta alteración en el Océano Pacifico Ecuatorial produce alteraciones climáticas en las regiones continentales cercanas al pacifico ecuatorial. La costa norte de Perú que normalmente es árida se torna lluviosa en tanto que la zona australiana se debate en sequía. También se presentan alteraciones climáticas en diversas partes del mundo con consecuencias muy graves para las actividades productivas especialmente en el sector pesquero y agrícola.